| 1. Round | 18/07/2024 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 0:1 | ||||
| 6. Round | 24/08/2024 | Würzburger Kickers | - | Bayern München II | 1:4 |  |
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| 9. Round | 13/09/2024 | Bayern München II | - | TSV Aubstadt | 2:2 | ||||
| 10. Round | 20/09/2024 | SpVgg Hankofen-Hailing | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 11. Round | 27/09/2024 | Bayern München II | - | TSV Buchbach | 2:3 | |
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| 12. Round | 03/10/2024 | Eintracht Bamberg | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 15. Round | 18/10/2024 | Bayern München II | - | FV Illertissen | 3:2 | ||||
| 16. Round | 22/10/2024 | Türkgücü München | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 17. Round | 25/10/2024 | Bayern München II | - | TSV Schwaben Augsburg | 3:0 | ||||
| 14. Round | 29/10/2024 | Bayern München II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 4:0 | ||||
| 18. Round | 02/11/2024 | Bayern München II | - | Wacker Burghausen | 5:2 | |
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| 20. Round | 15/11/2024 | Bayern München II | - | 1. FC Nürnberg II | 4:0 | |
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| 21. Round | 22/11/2024 | SpVgg Bayreuth | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 22. Round | 30/11/2024 | Viktoria Aschaffenburg | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 8. Round | 06/12/2024 | FC Augsburg II | - | Bayern München II | 1:3 |
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