| 2. Round | 12/03/1999 | Sanfrecce Hiroshima | - | Júbilo Iwata | 0:1 | ||||
| 4. Round | 26/03/1999 | Bellmare Hiratsuka | - | Júbilo Iwata | 2:1 | ||||
| 5. Round | 02/04/1999 | Júbilo Iwata | - | Kyoto Purple Sanga | 2:1 | ||||
| 6. Round | 09/04/1999 | Kashiwa Reysol | - | Júbilo Iwata | 0:1 | ||||
| 7. Round | 16/04/1999 | Júbilo Iwata | - | Yokohama F. Marinos | 1:0 | ||||
| 8. Round | 23/04/1999 | Shimizu S-Pulse | - | Júbilo Iwata | 2:5 |  |
|||
| 11. Round | 04/05/1999 | Kashima Antlers | - | Júbilo Iwata | 1:2 aet | ||||
| 14. Round | 21/05/1999 | Júbilo Iwata | - | Gamba Osaka | 1:0 | ||||
| 10. Round | 25/05/1999 | Júbilo Iwata | - | Avispa Fukuoka | 1:0 aet | ||||
| 15. Round | 28/05/1999 | JEF United Ichihara | - | Júbilo Iwata | 2:1 |  |
Japan