| 18. Round | 08/03/2025 | MFK Vyškov | - | Baník Ostrava B | 1:3 |  |
|||
| 19. Round | 16/03/2025 | Slavia Praha B | - | MFK Vyškov | 0:0 | ||||
| 20. Round | 29/03/2025 | MFK Vyškov | - | SFC Opava | 2:0 |  |
|||
| 17. Round | 01/04/2025 | FC Sellier & Bellot Vlašim | - | MFK Vyškov | 0:0 | ||||
| 21. Round | 05/04/2025 | Zbrojovka Brno | - | MFK Vyškov | 1:2 | |
|||
| 22. Round | 12/04/2025 | MFK Vyškov | - | FK Varnsdorf | 2:2 | ||||
| 23. Round | 16/04/2025 | MFK Chrudim | - | MFK Vyškov | 3:0 | ||||
| 24. Round | 19/04/2025 | MFK Vyškov | - | AC Sparta Praha B | 0:0 | ||||
| 25. Round | 28/04/2025 | MFK Vyškov | - | FK MAS Táborsko | 0:1 | ||||
| 27. Round | 07/05/2025 | MFK Vyškov | - | SK Líšeň | 0:1 | ||||
| 28. Round | 11/05/2025 | FC Zlín | - | MFK Vyškov | 2:1 | ||||
| 29. Round | 17/05/2025 | MFK Vyškov | - | Viktoria Žižkov | 2:0 | ||||
| 30. Round | 25/05/2025 | 1. SK Prostějov | - | MFK Vyškov | 0:2 |
Czech Republic