| 14. Round | 19/07/2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 3:1 | ||||
| 15. Round | 25/07/2008 | FK Khimki | - | Spartak Nalchik | 2:0 |  |
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| 17. Round | 09/08/2008 | Spartak Moskva | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 18. Round | 17/08/2008 | FK Khimki | - | FK Moskva | 0:2 | ||||
| 19. Round | 23/08/2008 | Rubin Kazan | - | FK Khimki | 2:0 | |
|||
| 20. Round | 29/08/2008 | FK Khimki | - | Shinnik Yaroslavl | 0:0 | ||||
| 21. Round | 14/09/2008 | Krylia Sovetov | - | FK Khimki | 3:0 | ||||
| 22. Round | 20/09/2008 | FK Khimki | - | FK Saturn | 2:1 |
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