| 8. Round | 11/06/2016 | Avaí - SC | - | Joinville - SC | 0:1 | ||||
| 15. Round | 09/07/2016 | Joinville - SC | - | Sampaio Corrêa - MA | 2:0 | ||||
| 16. Round | 17/07/2016 | CA Bragantino | - | Joinville - SC | 2:0 |  |
|||
| 17. Round | 20/07/2016 | Joinville - SC | - | Goiás - GO | 2:1 | ||||
| 18. Round | 30/07/2016 | Joinville - SC | - | Oeste - SP | 0:1 | ||||
| 27. Round | 24/09/2016 | Joinville - SC | - | Avaí - SC | 0:1 | ||||
| 28. Round | 27/09/2016 | Atlético Goianiense | - | Joinville - SC | 1:1 | ||||
| 29. Round | 05/10/2016 | Ceará - CE | - | Joinville - SC | 2:1 | |
|||
| 30. Round | 08/10/2016 | Joinville - SC | - | Paysandu - PA | 0:0 | ||||
| 31. Round | 15/10/2016 | Joinville - SC | - | Paraná Clube | 1:0 | ||||
| 32. Round | 23/10/2016 | CR Brasil - AL | - | Joinville - SC | 2:1 | ||||
| 33. Round | 29/10/2016 | Joinville - SC | - | Brasil de Pelotas - RS | 1:1 | |
|||
| 36. Round | 11/11/2016 | Goiás - GO | - | Joinville - SC | 3:2 |
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