| 4. Round | 27/07/2016 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Tosno | 1:1 | ||||
| 5. Round | 31/07/2016 | FK Tosno | - | Fakel Voronezh | 3:1 | ||||
| 18. Round | 22/10/2016 | FK Tosno | - | FK Tambov | 2:0 | ||||
| 20. Round | 05/11/2016 | FK Tosno | - | Sibir Novosibirsk | 3:0 | ||||
| 21. Round | 09/11/2016 | Mordovia Saransk | - | FK Tosno | 0:2 | ||||
| 22. Round | 13/11/2016 | FK Tosno | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 0:0 | ||||
| 23. Round | 19/11/2016 | Fakel Voronezh | - | FK Tosno | 0:0 | ||||
| 24. Round | 26/11/2016 | FK Tosno | - | Sokol Saratov | 5:2 | ||||
| 25. Round | 08/03/2017 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Tosno | 0:0 | ||||
| 27. Round | 19/03/2017 | Enisey Krasnoyarsk | - | FK Tosno | 0:1 |  |
|||
| 28. Round | 26/03/2017 | FK Tosno | - | Dinamo Moskva | 1:2 | ||||
| 31. Round | 12/04/2017 | Volgar Astrakhan | - | FK Tosno | 0:1 | |
|||
| 32. Round | 17/04/2017 | FK Tosno | - | Spartak Nalchik | 0:0 | ||||
| 34. Round | 29/04/2017 | FK Tosno | - | Spartak Moskva 2 | 1:1 | ||||
| 35. Round | 06/05/2017 | FK Neftekhimik | - | FK Tosno | 0:2 |  |
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