| 1. Round | 27/02/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Vegalta Sendai | 0:1 | ||||
| 4. Round | 19/03/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Sagan Tosu | 2:1 | ||||
| 5. Round | 02/04/2016 | Gamba Osaka | - | Yokohama F. Marinos | 1:2 | ||||
| 7. Round | 16/04/2016 | Júbilo Iwata | - | Yokohama F. Marinos | 1:5 | ||||
| 9. Round | 30/04/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Shonan Bellmare | 0:1 | ||||
| 13. Round | 21/05/2016 | Vissel Kobe | - | Yokohama F. Marinos | 0:1 | ||||
| 14. Round | 29/05/2016 | Yokohama F. Marinos | - | Kashiwa Reysol | 3:0 | ||||
| 16. Round | 18/06/2016 | RB Omiya Ardija | - | Yokohama F. Marinos | 1:1 | ||||
| 17. Round | 25/06/2016 | Yokohama F. Marinos | - | FC Tokyo | 0:1 |
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