| 8. Round | 02/04/2025 | Nagoya Grampus | - | Yokohama F. Marinos | 2:0 | ||||
| 9. Round | 05/04/2025 | Yokohama F. Marinos | - | Tokyo Verdy | 0:0 | ||||
| 16. Round | 11/05/2025 | Cerezo Osaka | - | Yokohama F. Marinos | 1:0 | ||||
| 14. Round | 14/05/2025 | Yokohama F. Marinos | - | Kashiwa Reysol | 0:2 | ||||
| 17. Round | 17/05/2025 | Yokohama F. Marinos | - | Kyoto Sanga FC | 0:3 | ||||
| 13. Round | 21/05/2025 | Yokohama F. Marinos | - | Vissel Kobe | 1:2 |  |
 |
||
| 18. Round | 25/05/2025 | Yokohama F. Marinos | - | Kashima Antlers | 3:1 | ||||
| 19. Round | 31/05/2025 | FC Machida Zelvia | - | Yokohama F. Marinos | 0:3 | ||||
| 20. Round | 15/06/2025 | Albirex Niigata | - | Yokohama F. Marinos | 1:0 | ||||
| 21. Round | 21/06/2025 | Yokohama F. Marinos | - | Fagiano Okayama | 0:1 | ||||
| 15. Round | 25/06/2025 | Yokohama F. Marinos | - | FC Tokyo | 0:3 | |
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| 22. Round | 28/06/2025 | Shonan Bellmare | - | Yokohama F. Marinos | 1:1 | ||||
| 23. Round | 05/07/2025 | Yokohama FC | - | Yokohama F. Marinos | 0:1 | |
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