| 9. Round | 25/09/2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | U.S.I. Lupo-Martini | 1:1 | ||||
| 10. Round | 01/10/2016 | Eintracht Braunschweig II | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:3 | ||||
| 11. Round | 09/10/2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | TSV Havelse | 1:1 | ||||
| 14. Round | 30/10/2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | Germania Egestorf/Langreder | 2:1 |  |
|||
| 16. Round | 13/11/2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | VfB Lübeck | 0:2 | ||||
| 17. Round | 20/11/2016 | SV Drochtersen/Assel | - | ETSV Weiche Flensburg | 2:1 | ||||
| 18. Round | 27/11/2016 | ETSV Weiche Flensburg | - | VfL Wolfsburg II | 0:0 |  |
|||
| 23. Round | 26/02/2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | Hamburger SV II | 5:3 | ||||
| 24. Round | 05/03/2017 | SV Eichede | - | ETSV Weiche Flensburg | 1:1 | ||||
| 20. Round | 29/03/2017 | Lüneburger SK Hansa | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:1 | ||||
| 29. Round | 08/04/2017 | Schwarz-Weiß Rehden | - | ETSV Weiche Flensburg | 0:2 | ||||
| 32. Round | 05/05/2017 | ETSV Weiche Flensburg | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 33. Round | 13/05/2017 | VfB Lübeck | - | ETSV Weiche Flensburg | 2:0 |
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