| 19. Round | 26/01/2007 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Köln | 1:3 | ||||
| 20. Round | 04/02/2007 | 1. FC Köln | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 21. Round | 09/02/2007 | Eintracht Braunschweig | - | 1. FC Köln | 0:1 | ||||
| 22. Round | 18/02/2007 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FC Köln | 5:0 | ||||
| 30. Round | 20/04/2007 | TSV 1860 München | - | 1. FC Köln | 3:1 | ||||
| 31. Round | 29/04/2007 | 1. FC Köln | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:2 |
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