| 18. Round | 09/02/2025 | FC Basel 1893 II | - | FC Rapperswil-Jona | 0:3 |  |
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| 19. Round | 15/02/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Paradiso | 0:0 | ||||
| 20. Round | 23/02/2025 | SR Delémont | - | FC Rapperswil-Jona | 2:1 | ||||
| 21. Round | 01/03/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | Vevey-Sports | 3:0 | ||||
| 22. Round | 08/03/2025 | FC Bulle | - | FC Rapperswil-Jona | 1:2 | ||||
| 23. Round | 15/03/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | BSC Young Boys II | 3:1 | ||||
| 29. Round | 19/04/2025 | FC Rapperswil-Jona | - | FC Zürich II | 3:0 | ||||
| 30. Round | 26/04/2025 | SC Kriens | - | FC Rapperswil-Jona | 1:5 | ||||
| 31. Round | 03/05/2025 | FC Luzern II | - | FC Rapperswil-Jona | 0:2 |
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