| 3. Round | 11/09/2016 | PAOK Saloniki | - | Panetolikos | 2:1 | ||||
| 4. Round | 18/09/2016 | Atromitos | - | Panetolikos | 0:2 |  |
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| 5. Round | 24/09/2016 | Panetolikos | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 6. Round | 02/10/2016 | Platanias Chanion | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 7. Round | 15/10/2016 | Panetolikos | - | AO Kerkyra | 4:0 |  |
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| 8. Round | 23/10/2016 | Levadiakos | - | Panetolikos | 2:1 | ||||
| 9. Round | 31/10/2016 | Panetolikos | - | PAS Giannina | 1:2 | ||||
| 10. Round | 06/11/2016 | Panetolikos | - | AE Lárissa | 2:1 | ||||
| 12. Round | 27/11/2016 | Panetolikos | - | Xanthi FC | 2:3 | ||||
| 13. Round | 03/12/2016 | Veria FC | - | Panetolikos | 1:1 | |
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| 14. Round | 11/12/2016 | Panetolikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 |
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