| 2. Round | 26/07/2024 | Vysočina Jihlava | - | MFK Vyškov | 1:1 |  |
|||
| 3. Round | 31/07/2024 | MFK Vyškov | - | FC Sellier & Bellot Vlašim | 1:1 | ||||
| 4. Round | 04/08/2024 | Baník Ostrava B | - | MFK Vyškov | 1:3 | |
|||
| 5. Round | 12/08/2024 | MFK Vyškov | - | Slavia Praha B | 1:0 | ||||
| 6. Round | 16/08/2024 | SFC Opava | - | MFK Vyškov | 1:0 | ||||
| 7. Round | 26/08/2024 | MFK Vyškov | - | Zbrojovka Brno | 1:0 | |
|||
| 8. Round | 01/09/2024 | FK Varnsdorf | - | MFK Vyškov | 1:2 | ||||
| 10. Round | 21/09/2024 | AC Sparta Praha B | - | MFK Vyškov | 1:0 | ||||
| 13. Round | 19/10/2024 | SK Líšeň | - | MFK Vyškov | 0:2 | ||||
| 14. Round | 26/10/2024 | MFK Vyškov | - | FC Zlín | 1:1 |  |
|||
| 15. Round | 03/11/2024 | Viktoria Žižkov | - | MFK Vyškov | 0:3 | ||||
| 16. Round | 10/11/2024 | MFK Vyškov | - | Vysočina Jihlava | 1:1 | ||||
| 21. Round | 05/04/2025 | Zbrojovka Brno | - | MFK Vyškov | 1:2 | ||||
| 23. Round | 16/04/2025 | MFK Chrudim | - | MFK Vyškov | 3:0 | ||||
| 24. Round | 19/04/2025 | MFK Vyškov | - | AC Sparta Praha B | 0:0 | ||||
| 25. Round | 28/04/2025 | MFK Vyškov | - | FK MAS Táborsko | 0:1 | ||||
| 27. Round | 07/05/2025 | MFK Vyškov | - | SK Líšeň | 0:1 | |
|||
| 29. Round | 17/05/2025 | MFK Vyškov | - | Viktoria Žižkov | 2:0 | ||||
| 30. Round | 25/05/2025 | 1. SK Prostějov | - | MFK Vyškov | 0:2 |
Czech Republic