| 1. Round | 01/08/2011 | FK Baumit Jablonec | - | FK Mladá Boleslav | 0:0 | ||||
| 2. Round | 07/08/2011 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FC Slovácko | 1:0 | ||||
| 4. Round | 21/08/2011 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Žižkov | 2:0 | ||||
| 5. Round | 26/08/2011 | Slavia Praha | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 7. Round | 18/09/2011 | 1. FK Příbram | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 8. Round | 25/09/2011 | FK Mladá Boleslav | - | FC Hradec Králové | 1:1 |  |
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| 9. Round | 02/10/2011 | FK Teplice | - | FK Mladá Boleslav | 1:3 | |
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| 10. Round | 16/10/2011 | Sigma Olomouc | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 11. Round | 23/10/2011 | FK Mladá Boleslav | - | Bohemians 1905 | 2:0 |  |
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| 12. Round | 29/10/2011 | AC Sparta Praha | - | FK Mladá Boleslav | 0:3 | ||||
| 13. Round | 06/11/2011 | FK Mladá Boleslav | - | FK Dukla Praha | 3:1 | ||||
| 14. Round | 19/11/2011 | Viktoria Plzeň | - | FK Mladá Boleslav | 3:2 | |
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| 15. Round | 27/11/2011 | FK Mladá Boleslav | - | Dynamo České Budějovice | 3:1 | ||||
| 16. Round | 05/12/2011 | 1. FC Slovácko | - | FK Mladá Boleslav | 1:0 |
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