| 1. Round | 23/07/1988 | SV Meppen | - | Eintracht Braunschweig | 0:0 |  |
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| 2. Round | 30/07/1988 | Eintracht Braunschweig | - | Blau-Weiß 90 Berlin | 1:1 | ||||
| 4. Round | 20/08/1988 | Eintracht Braunschweig | - | Fortuna Düsseldorf | 0:0 | ||||
| 22. Round | 04/03/1989 | Eintracht Braunschweig | - | FC Schalke 04 | 1:0 | ||||
| 23. Round | 11/03/1989 | Fortuna Düsseldorf | - | Eintracht Braunschweig | 4:0 | |
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| 25. Round | 25/03/1989 | FC 08 Homburg | - | Eintracht Braunschweig | 2:0 | |
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| 26. Round | 01/04/1989 | Rot-Weiss Essen | - | Eintracht Braunschweig | 2:1 | ||||
| 27. Round | 08/04/1989 | Eintracht Braunschweig | - | Viktoria Aschaffenburg | 1:0 | ||||
| 28. Round | 15/04/1989 | SV Darmstadt 98 | - | Eintracht Braunschweig | 1:2 | |
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| 30. Round | 24/04/1989 | 1. FC Saarbrücken | - | Eintracht Braunschweig | 2:1 | |
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| 31. Round | 27/04/1989 | Eintracht Braunschweig | - | Hertha BSC | 1:1 | ||||
| 32. Round | 01/05/1989 | Fortuna Köln | - | Eintracht Braunschweig | 3:2 | ||||
| 33. Round | 13/05/1989 | Eintracht Braunschweig | - | SG Union Solingen | 4:0 | ||||
| 34. Round | 20/05/1989 | 1. FSV Mainz 05 | - | Eintracht Braunschweig | 1:0 | |
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| 35. Round | 27/05/1989 | Eintracht Braunschweig | - | SpVgg Bayreuth | 1:1 |
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