| 1. Round | 10/03/2000 | Yokohama F. Marinos | - | FC Tokyo | 0:1 | ||||
| 2. Round | 17/03/2000 | Shimizu S-Pulse | - | Yokohama F. Marinos | 1:2 |  |
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| 3. Round | 24/03/2000 | Yokohama F. Marinos | - | Júbilo Iwata | 1:3 | ||||
| 4. Round | 31/03/2000 | Kashima Antlers | - | Yokohama F. Marinos | 2:3 | |
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| 6. Round | 07/04/2000 | Verdy Kawasaki | - | Yokohama F. Marinos | 1:3 | ||||
| 7. Round | 14/04/2000 | Yokohama F. Marinos | - | Nagoya Grampus Eight | 2:0 | ||||
| 8. Round | 21/04/2000 | Kashiwa Reysol | - | Yokohama F. Marinos | 3:2 aet | ||||
| 9. Round | 28/04/2000 | Yokohama F. Marinos | - | Gamba Osaka | 4:1 | |
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| 12. Round | 12/05/2000 | Avispa Fukuoka | - | Yokohama F. Marinos | 2:4 | ||||
| 13. Round | 16/05/2000 | Yokohama F. Marinos | - | Kawasaki Frontale | 4:1 | ||||
| 14. Round | 19/05/2000 | Yokohama F. Marinos | - | Cerezo Osaka | 2:3 | ||||
| 15. Round | 26/05/2000 | JEF United Ichihara | - | Yokohama F. Marinos | 0:2 |
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