| Regionalliga Bayern | Matches | W | D | L |  |
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| home | 3 | 1 | - | 2 | 7 | - | - |
| away | 8 | 3 | 2 | 3 | 15 | - | - |
| overall | 11 | 4 | 2 | 5 | 22 | - | - |
| Regionalliga Bayern | Home | - | Guest | |
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Results |
| 15/08/12 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1 | - | - | 1:0 |
| 20/10/12 | FC Ingolstadt 04 II | - | SC Eltersdorf | 3 | - | - | 3:0 |
| 09/03/13 | FC Ismaning | - | FC Ingolstadt 04 II | - | - | - | 0:2 |
| 27/04/13 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayern Hof | 2 | - | - | 1:3 |
| 03/05/14 | TSV 1860 München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 2 | - | - | 3:2 |
| 18/03/16 | TSV 1860 München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1 | - | - | 0:0 |
| 30/07/16 | VfR Garching | - | FC Ingolstadt 04 II | 3 | - | - | 3:1 |
| 01/10/16 | Wacker Burghausen | - | FC Ingolstadt 04 II | 2 | - | - | 1:1 |
| 28/10/17 | FC Pipinsried | - | FC Ingolstadt 04 II | 2 | - | - | 2:5 |
| 24/04/18 | FC Ingolstadt 04 II | - | Wacker Burghausen | 2 | - | - | 1:4 |
| 24/11/18 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 4 | - | - | 1:3 |
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