| Group 3 | 06/02/2003 | América de Cali | - | Santos FC | 1:5 | ||||
| Group 3 | 20/02/2003 | Santos FC | - | 12 de Octubre de Itauguá | 3:1 |  |
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| Group 3 | 20/03/2003 | Santos FC | - | América de Cali | 3:0 | |
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| Group 3 | 25/03/2003 | 12 de Octubre de Itauguá | - | Santos FC | 1:4 | |
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| Group 3 | 17/04/2003 | Santos FC | - | El Nacional | 1:1 | ||||
| Round of 16 | 24/04/2003 | Nacional | - | Santos FC | 4:4 | ||||
| Round of 16 | 08/05/2003 | Santos FC | - | Nacional | 2:2 | |
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| Quarter-finals | 22/05/2003 | Cruz Azul | - | Santos FC | 2:2 | ||||
| Quarter-finals | 29/05/2003 | Santos FC | - | Cruz Azul | 1:0 | ||||
| Semi-finals | 18/06/2003 | Independiente Medellín | - | Santos FC | 2:3 | ||||
| Final | 26/06/2003 | Boca Juniors | - | Santos FC | 2:0 | |
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| Final | 03/07/2003 | Santos FC | - | Boca Juniors | 1:3 |
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