| 2. Round | 28/01/2006 | Cruz Azul | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | ||||
| 3. Round | 02/02/2006 | UAG Tecos | - | Cruz Azul | 2:1 | ||||
| 4. Round | 04/02/2006 | Cruz Azul | - | Deportivo Toluca | 2:1 | ||||
| 5. Round | 11/02/2006 | Jaguares Chiapas | - | Cruz Azul | 1:0 | ||||
| 6. Round | 18/02/2006 | Cruz Azul | - | Pumas UNAM | 3:1 |  |
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| 7. Round | 25/02/2006 | Atlante | - | Cruz Azul | 1:2 | |
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| 8. Round | 04/03/2006 | Cruz Azul | - | UANL Tigres | 1:1 | ||||
| 9. Round | 11/03/2006 | Dorados de Sinaloa | - | Cruz Azul | 2:2 | ||||
| 10. Round | 16/03/2006 | Cruz Azul | - | Santos Laguna | 4:1 | |
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| 11. Round | 19/03/2006 | Deportivo Guadalajara | - | Cruz Azul | 1:0 | ||||
| 12. Round | 25/03/2006 | Cruz Azul | - | Club Necaxa | 3:1 | |
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| 13. Round | 02/04/2006 | Club San Luis | - | Cruz Azul | 2:1 | ||||
| 14. Round | 08/04/2006 | Cruz Azul | - | Veracruz (old) | 3:0 | |
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| 15. Round | 15/04/2006 | Cruz Azul | - | CF América | 1:3 | |
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| 16. Round | 22/04/2006 | CF Monterrey | - | Cruz Azul | 0:1 | |
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| 17. Round | 29/04/2006 | Cruz Azul | - | CF Pachuca | 3:2 | |
Argentina