| 3. Round | 04/08/2002 | Eintracht Frankfurt II | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 5. Round | 14/08/2002 | Stuttgarter Kickers | - | Bayern München II | 4:2 | ||||
| 6. Round | 18/08/2002 | Bayern München II | - | SpVgg Unterhaching | 0:2 | ||||
| 14. Round | 12/10/2002 | Borussia Neunkirchen | - | Bayern München II | 2:3 | ||||
| 4. Round | 16/10/2002 | Bayern München II | - | SV 07 Elversberg | 0:2 |  |
|||
| 15. Round | 20/10/2002 | Bayern München II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 | ||||
| 28. Round | 05/04/2003 | Bayern München II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 0:0 | |
|||
| 30. Round | 17/04/2003 | SV Wehen-Taunusstein | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 31. Round | 21/04/2003 | Bayern München II | - | Kickers Offenbach | 1:1 | ||||
| 32. Round | 25/04/2003 | VfR Aalen | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 34. Round | 09/05/2003 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 37. Round | 30/05/2003 | Bayern München II | - | FC Augsburg | 2:0 | ||||
| 38. Round | 08/06/2003 | 1. FC Saarbrücken | - | Bayern München II | 3:1 |
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