| 21. Round | 19/02/2017 | Sportfreunde Siegen | - | 1. FC Köln II | 3:2 | ||||
| 22. Round | 25/02/2017 | 1. FC Köln II | - | SG Wattenscheid 09 | 2:1 |  |
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| 27. Round | 01/04/2017 | Wuppertaler SV | - | 1. FC Köln II | 1:3 |  |
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| 28. Round | 08/04/2017 | 1. FC Köln II | - | Viktoria Köln | 2:0 | ||||
| 30. Round | 24/04/2017 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiss Essen | 1:3 | ||||
| 31. Round | 29/04/2017 | SV Rödinghausen | - | 1. FC Köln II | 2:2 | ||||
| 34. Round | 20/05/2017 | 1. FC Köln II | - | Alemannia Aachen | 1:2 | |
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