| 3. Round | 31/08/2008 | Bayern München | - | Hertha BSC | 4:1 | ||||
| 5. Round | 20/09/2008 | Bayern München | - | Werder Bremen | 2:5 | ||||
| 6. Round | 27/09/2008 | Hannover 96 | - | Bayern München | 1:0 | ||||
| 7. Round | 04/10/2008 | Bayern München | - | VfL Bochum | 3:3 |  |
|||
| 11. Round | 01/11/2008 | Bayern München | - | Arminia Bielefeld | 3:1 | ||||
| 12. Round | 09/11/2008 | FC Schalke 04 | - | Bayern München | 1:2 | ||||
| 13. Round | 15/11/2008 | Bor. Mönchengladbach | - | Bayern München | 2:2 | |
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| 24. Round | 14/03/2009 | VfL Bochum | - | Bayern München | 0:3 | ||||
| 25. Round | 21/03/2009 | Bayern München | - | Karlsruher SC | 1:0 |  |
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| 26. Round | 04/04/2009 | VfL Wolfsburg | - | Bayern München | 5:1 | ||||
| 27. Round | 11/04/2009 | Bayern München | - | Eintracht Frankfurt | 4:0 | ||||
| 28. Round | 18/04/2009 | Arminia Bielefeld | - | Bayern München | 0:1 | ||||
| 29. Round | 25/04/2009 | Bayern München | - | FC Schalke 04 | 0:1 | ||||
| 31. Round | 09/05/2009 | Energie Cottbus | - | Bayern München | 1:3 | |
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| 32. Round | 12/05/2009 | Bayern München | - | Bayer Leverkusen | 3:0 | ||||
| 33. Round | 16/05/2009 | 1899 Hoffenheim | - | Bayern München | 2:2 | ||||
| 34. Round | 23/05/2009 | Bayern München | - | VfB Stuttgart | 2:1 |
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