| 1. Round | 27/01/2013 | El Nacional | - | Deportivo Cuenca | 3:1 | ||||
| 3. Round | 09/02/2013 | Emelec | - | Deportivo Cuenca | 3:1 | ||||
| 4. Round | 16/02/2013 | Deportivo Cuenca | - | Deportivo Quevedo | 1:1 | ||||
| 2. Round | 21/02/2013 | Deportivo Cuenca | - | LDU Quito | 0:0 | ||||
| 9. Round | 30/03/2013 | Barcelona | - | Deportivo Cuenca | 4:0 | ||||
| 10. Round | 06/04/2013 | Deportivo Cuenca | - | Macará | 2:1 | ||||
| 11. Round | 13/04/2013 | Universidad Catolica | - | Deportivo Cuenca | 2:2 |  |
|||
| 12. Round | 20/04/2013 | Deportivo Cuenca | - | Universidad Catolica | 1:2 | ||||
| 13. Round | 27/04/2013 | Macará | - | Deportivo Cuenca | 1:5 | ||||
| 14. Round | 04/05/2013 | Deportivo Cuenca | - | Barcelona | 2:0 | ||||
| 15. Round | 09/05/2013 | Deportivo Quito | - | Deportivo Cuenca | 5:1 | ||||
| 16. Round | 12/05/2013 | Deportivo Cuenca | - | Club Social y Deportivo Independiente José Terán | 2:1 | ||||
| 17. Round | 18/05/2013 | Liga de Loja | - | Deportivo Cuenca | 1:3 | ||||
| 18. Round | 26/05/2013 | Deportivo Cuenca | - | Manta | 0:2 | ||||
| 19. Round | 16/06/2013 | Deportivo Quevedo | - | Deportivo Cuenca | 0:0 | ||||
| 20. Round | 23/06/2013 | Deportivo Cuenca | - | Emelec | 0:1 | ||||
| 21. Round | 27/06/2013 | LDU Quito | - | Deportivo Cuenca | 0:2 |
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