| 1. Round | 27/08/2006 | Real Madrid | - | Villarreal CF | 0:0 | ||||
| 2. Round | 10/09/2006 | Villarreal CF | - | Recreativo Huelva | 0:1 | ||||
| 3. Round | 16/09/2006 | Deportivo La Coruña | - | Villarreal CF | 2:0 | ||||
| 4. Round | 24/09/2006 | Villarreal CF | - | Real Zaragoza | 3:2 |  |
|||
| 5. Round | 01/10/2006 | RCD Mallorca | - | Villarreal CF | 1:2 | ||||
| 6. Round | 15/10/2006 | Villarreal CF | - | Espanyol Barcelona | 0:0 | ||||
| 7. Round | 21/10/2006 | Villarreal CF | - | Levante UD | 1:1 | ||||
| 8. Round | 29/10/2006 | Real Sociedad | - | Villarreal CF | 0:1 | ||||
| 9. Round | 05/11/2006 | Villarreal CF | - | Real Betis | 3:2 | ||||
| 10. Round | 11/11/2006 | Atlético Madrid | - | Villarreal CF | 3:1 | ||||
| 13. Round | 03/12/2006 | Villarreal CF | - | Gimnàstic de Tarragona | 2:0 | ||||
| 14. Round | 10/12/2006 | RC Celta | - | Villarreal CF | 1:1 | ||||
| 15. Round | 17/12/2006 | Villarreal CF | - | CA Osasuna | 1:4 |  |
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