| 3. Round | 16/02/2013 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 2:2 |  |
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| 4. Round | 23/02/2013 | Boyacá Chicó | - | Deportes Tolima | 3:0 |  |
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| 5. Round | 02/03/2013 | Millonarios | - | Boyacá Chicó | 2:1 | ||||
| 6. Round | 09/03/2013 | Boyacá Chicó | - | La Equidad | 2:2 | ||||
| 7. Round | 17/03/2013 | Independiente Medellín | - | Boyacá Chicó | 3:1 | ||||
| 9. Round | 06/04/2013 | Boyacá Chicó | - | Patriotas FC | 0:0 | ||||
| 12. Round | 22/04/2013 | Boyacá Chicó | - | Deportivo Pasto | 2:2 | ||||
| 13. Round | 28/04/2013 | Cúcuta Deportivo | - | Boyacá Chicó | 0:1 | ||||
| 14. Round | 05/05/2013 | Boyacá Chicó | - | Atlético Huila | 2:1 | |
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| 15. Round | 11/05/2013 | Santa Fe | - | Boyacá Chicó | 4:3 | |
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| 17. Round | 25/05/2013 | Itagüi Ditaires | - | Boyacá Chicó | 3:0 |
Colombia