| 15. Round | 28/10/2011 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 4:1 | ||||
| 16. Round | 06/11/2011 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 22. Round | 02/03/2012 | SG Sonnenhof Großaspach | - | Bayern München II | 3:2 |  |
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| 24. Round | 17/03/2012 | Bayern Alzenau | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 28. Round | 10/04/2012 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 0:1 |  |
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| 29. Round | 15/04/2012 | Bayern München II | - | 1899 Hoffenheim II | 1:1 | ||||
| 30. Round | 21/04/2012 | Wormatia Worms | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 31. Round | 29/04/2012 | Bayern München II | - | Hessen Kassel | 1:2 | ||||
| 32. Round | 04/05/2012 | SC Pfullendorf | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 33. Round | 11/05/2012 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:3 | ||||
| 34. Round | 19/05/2012 | Stuttgarter Kickers | - | Bayern München II | 2:0 |
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