| 24. Round | 07/02/2009 | Modena FC | - | Pisa Calcio | 3:3 | ||||
| 25. Round | 14/02/2009 | Pisa Calcio | - | AS Livorno | 2:1 | ||||
| 26. Round | 17/02/2009 | Vicenza Calcio | - | Pisa Calcio | 0:0 | ||||
| 27. Round | 23/02/2009 | Pisa Calcio | - | US Salernitana 1919 | 0:0 | ||||
| 28. Round | 28/02/2009 | US Triestina | - | Pisa Calcio | 1:0 | ||||
| 29. Round | 07/03/2009 | Pisa Calcio | - | UC AlbinoLeffe | 2:0 | ||||
| 30. Round | 14/03/2009 | Treviso FBC | - | Pisa Calcio | 0:2 |  |
|||
| 31. Round | 17/03/2009 | Pisa Calcio | - | Empoli FC | 2:0 | ||||
| 32. Round | 21/03/2009 | US Avellino | - | Pisa Calcio | 2:0 | ||||
| 33. Round | 29/03/2009 | Pisa Calcio | - | AS Bari | 0:1 | |
|||
| 34. Round | 04/04/2009 | Ascoli Calcio | - | Pisa Calcio | 1:0 | ||||
| 36. Round | 18/04/2009 | AS Cittadella | - | Pisa Calcio | 1:0 | ||||
| 35. Round | 21/04/2009 | Pisa Calcio | - | AC Mantova | 1:1 |  |
|||
| 37. Round | 25/04/2009 | Frosinone Calcio | - | Pisa Calcio | 1:1 | ||||
| 39. Round | 09/05/2009 | Parma FC | - | Pisa Calcio | 2:0 | ||||
| 40. Round | 15/05/2009 | Pisa Calcio | - | Piacenza Calcio | 1:3 | ||||
| 41. Round | 23/05/2009 | Rimini Calcio | - | Pisa Calcio | 1:1 |
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