| 2. Round | 10/08/2008 | Viktoria Žižkov | - | FK Teplice | 3:0 | ||||
| 3. Round | 16/08/2008 | Tescoma Zlín | - | Viktoria Žižkov | 1:0 | ||||
| 5. Round | 31/08/2008 | AC Sparta Praha | - | Viktoria Žižkov | 2:0 | ||||
| 7. Round | 21/09/2008 | FK Baumit Jablonec | - | Viktoria Žižkov | 2:0 | ||||
| 8. Round | 28/09/2008 | Viktoria Žižkov | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 | ||||
| 12. Round | 02/11/2008 | Dynamo České Budějovice | - | Viktoria Žižkov | 3:2 |  |
|||
| 14. Round | 16/11/2008 | Slavia Praha | - | Viktoria Žižkov | 2:1 | ||||
| 22. Round | 05/04/2009 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Žižkov | 0:0 | |
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| 23. Round | 12/04/2009 | Viktoria Žižkov | - | Sigma Olomouc | 1:2 | ||||
| 24. Round | 19/04/2009 | 1. FC Brno | - | Viktoria Žižkov | 0:2 | ||||
| 25. Round | 26/04/2009 | Viktoria Žižkov | - | SK Kladno | 2:2 | |
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| 26. Round | 03/05/2009 | Viktoria Žižkov | - | Dynamo České Budějovice | 2:1 | ||||
| 27. Round | 09/05/2009 | Slovan Liberec | - | Viktoria Žižkov | 2:1 | ||||
| 28. Round | 18/05/2009 | Viktoria Žižkov | - | Slavia Praha | 1:3 | |
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