| 7. Round | 08/09/2006 | FC Ingolstadt 04 | - | TSV 1860 München II | 3:0 |  |
|||
| 21. Round | 24/02/2007 | Karlsruher SC II | - | TSV 1860 München II | 2:1 | ||||
| 22. Round | 03/03/2007 | TSV 1860 München II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 2:2 | ||||
| 23. Round | 11/03/2007 | VfB Stuttgart II | - | TSV 1860 München II | 0:0 | ||||
| 24. Round | 17/03/2007 | TSV 1860 München II | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 25. Round | 24/03/2007 | SV Darmstadt 98 | - | TSV 1860 München II | 1:0 |  |
|||
| 26. Round | 07/04/2007 | TSV 1860 München II | - | SC Pfullendorf | 2:0 | ||||
| 27. Round | 13/04/2007 | 1. FC Saarbrücken | - | TSV 1860 München II | 5:2 | |
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| 28. Round | 21/04/2007 | TSV 1860 München II | - | Sportfreunde Siegen | 3:0 | ||||
| 29. Round | 28/04/2007 | SSV Reutlingen | - | TSV 1860 München II | 2:2 | ||||
| 30. Round | 05/05/2007 | TSV 1860 München II | - | FK Pirmasens | 3:0 | ||||
| 31. Round | 11/05/2007 | Stuttgarter Kickers | - | TSV 1860 München II | 1:0 | ||||
| 33. Round | 26/05/2007 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 34. Round | 02/06/2007 | Hessen Kassel | - | TSV 1860 München II | 3:8 |  |
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