| 1. Round | 31/01/2016 | Atlético Bucaramanga | - | Independiente Medellín | 2:2 | ||||
| 2. Round | 06/02/2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Junior | 0:1 |  |
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| 3. Round | 14/02/2016 | Envigado FC | - | Independiente Medellín | 0:1 | ||||
| 4. Round | 18/02/2016 | Independiente Medellín | - | Cortuluá | 2:0 | ||||
| 5. Round | 20/02/2016 | La Equidad | - | Independiente Medellín | 2:2 | ||||
| 6. Round | 24/02/2016 | Atlético Huila | - | Independiente Medellín | 0:3 | ||||
| 8. Round | 06/03/2016 | Patriotas FC | - | Independiente Medellín | 0:0 | |
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| 9. Round | 12/03/2016 | Independiente Medellín | - | Santa Fe | 2:1 | |
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| 10. Round | 20/03/2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| 11. Round | 02/04/2016 | Deportivo Pasto | - | Independiente Medellín | 1:0 | |
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| 12. Round | 09/04/2016 | Independiente Medellín | - | Alianza Petrolera | 4:2 | ||||
| 13. Round | 16/04/2016 | Jaguares de Córdoba | - | Independiente Medellín | 2:2 | |
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| 17. Round | 07/05/2016 | Atlético Nacional | - | Independiente Medellín | 1:2 | ||||
| 19. Round | 22/05/2016 | Boyacá Chicó | - | Independiente Medellín | 1:1 |
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