| 1. Round | 27/08/2012 | Karşıyaka SK | - | Manisaspor | 1:1 | ||||
| 2. Round | 02/09/2012 | Şanlıurfaspor | - | Karşıyaka SK | 0:1 | ||||
| 3. Round | 15/09/2012 | Karşıyaka SK | - | MKE Ankaragücü | 2:0 | ||||
| 4. Round | 24/09/2012 | Bucaspor | - | Karşıyaka SK | 1:2 | ||||
| 5. Round | 29/09/2012 | Karşıyaka SK | - | 1461 Trabzon | 1:0 | ||||
| 6. Round | 07/10/2012 | Gaziantep Bld.Spor | - | Karşıyaka SK | 3:0 |  |
|||
| 7. Round | 13/10/2012 | Karşıyaka SK | - | Adana Demirspor | 1:4 | |
|||
| 8. Round | 21/10/2012 | Tavşanlı Linyitspor | - | Karşıyaka SK | 1:1 | ||||
| 9. Round | 28/10/2012 | Karşıyaka SK | - | Göztepe | 2:0 | ||||
| 10. Round | 03/11/2012 | Samsunspor | - | Karşıyaka SK | 0:0 | ||||
| 11. Round | 10/11/2012 | Karşıyaka SK | - | Boluspor | 1:0 | ||||
| 12. Round | 18/11/2012 | Çaykur Rizespor | - | Karşıyaka SK | 2:2 | |
|||
| 13. Round | 26/11/2012 | Karşıyaka SK | - | Denizlispor | 0:0 | ||||
| 14. Round | 01/12/2012 | Torku Konyaspor | - | Karşıyaka SK | 0:0 | ||||
| 15. Round | 10/12/2012 | Karşıyaka SK | - | Erciyesspor | 2:4 | ||||
| 16. Round | 15/12/2012 | Adanaspor | - | Karşıyaka SK | 3:2 | |
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