| 2. Round | 26/08/2016 | Ümraniyespor | - | Manisaspor | 1:1 |  |
|||
| 3. Round | 10/09/2016 | Manisaspor | - | Eskişehirspor | 3:3 | ||||
| 5. Round | 26/09/2016 | Manisaspor | - | Göztepe | 0:3 | ||||
| 6. Round | 01/10/2016 | Bandırmaspor | - | Manisaspor | 4:0 | |
|||
| 7. Round | 16/10/2016 | Manisaspor | - | Adana Demirspor | 1:2 | ||||
| 8. Round | 21/10/2016 | Yeni Malatyaspor | - | Manisaspor | 3:1 | ||||
| 9. Round | 30/10/2016 | Manisaspor | - | Sivasspor | 0:1 | ||||
| 10. Round | 04/11/2016 | Mersin Idmanyurdu | - | Manisaspor | 0:0 | ||||
| 11. Round | 21/11/2016 | Manisaspor | - | Samsunspor | 0:0 | ||||
| 12. Round | 27/11/2016 | Denizlispor | - | Manisaspor | 1:2 | ||||
| 13. Round | 03/12/2016 | Manisaspor | - | Gaziantep Bld.Spor | 2:0 |  |
|||
| 14. Round | 11/12/2016 | Altınordu FK | - | Manisaspor | 1:1 | |
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| 15. Round | 16/12/2016 | Manisaspor | - | Balıkesirspor | 1:1 | ||||
| 17. Round | 14/01/2017 | Manisaspor | - | Boluspor | 2:2 | |
|||
| 18. Round | 21/01/2017 | Elazığspor | - | Manisaspor | 2:2 | ||||
| 21. Round | 18/02/2017 | Manisaspor | - | Giresunspor | 1:2 | ||||
| 25. Round | 18/03/2017 | Manisaspor | - | Yeni Malatyaspor | 0:2 |
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