| 17. Round | 22/02/2009 | Viktoria Žižkov | - | Tescoma Zlín | 1:1 | ||||
| 18. Round | 28/02/2009 | Baník Ostrava | - | Viktoria Žižkov | 0:0 |  |
|||
| 19. Round | 08/03/2009 | Viktoria Žižkov | - | AC Sparta Praha | 1:2 |  |
|||
| 20. Round | 15/03/2009 | Bohemians Praha | - | Viktoria Žižkov | 0:0 | ||||
| 21. Round | 22/03/2009 | Viktoria Žižkov | - | FK Baumit Jablonec | 0:1 | ||||
| 22. Round | 05/04/2009 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Žižkov | 0:0 | ||||
| 23. Round | 12/04/2009 | Viktoria Žižkov | - | Sigma Olomouc | 1:2 | ||||
| 24. Round | 19/04/2009 | 1. FC Brno | - | Viktoria Žižkov | 0:2 | |
|||
| 25. Round | 26/04/2009 | Viktoria Žižkov | - | SK Kladno | 2:2 | ||||
| 26. Round | 03/05/2009 | Viktoria Žižkov | - | Dynamo České Budějovice | 2:1 | ||||
| 27. Round | 09/05/2009 | Slovan Liberec | - | Viktoria Žižkov | 2:1 | |
|||
| 28. Round | 18/05/2009 | Viktoria Žižkov | - | Slavia Praha | 1:3 | |
|||
| 29. Round | 23/05/2009 | 1. FK Příbram | - | Viktoria Žižkov | 3:0 | ||||
| 30. Round | 30/05/2009 | Viktoria Žižkov | - | Viktoria Plzeň | 0:2 |
Slovakia