| 7. Round | 16/09/2016 | ESTAC Troyes | - | Chamois Niortais | 1:1 | ||||
| 8. Round | 20/09/2016 | Chamois Niortais | - | Gazélec FC Ajaccio | 0:0 | ||||
| 9. Round | 23/09/2016 | Red Star FC | - | Chamois Niortais | 0:1 | ||||
| 10. Round | 30/09/2016 | Chamois Niortais | - | US Orléans | 1:0 | ||||
| 11. Round | 14/10/2016 | Valenciennes FC | - | Chamois Niortais | 3:1 | ||||
| 12. Round | 21/10/2016 | Chamois Niortais | - | Clermont Foot 63 | 2:1 | ||||
| 13. Round | 29/10/2016 | AJ Auxerre | - | Chamois Niortais | 0:4 | ||||
| 14. Round | 04/11/2016 | Chamois Niortais | - | FC Sochaux | 2:0 | ||||
| 15. Round | 21/11/2016 | Stade Brestois 29 | - | Chamois Niortais | 2:3 | ||||
| 16. Round | 25/11/2016 | Chamois Niortais | - | AC Ajaccio | 1:1 | ||||
| 17. Round | 28/11/2016 | Stade de Reims | - | Chamois Niortais | 1:0 | ||||
| 18. Round | 09/12/2016 | Chamois Niortais | - | Havre AC | 1:1 | ||||
| 20. Round | 13/01/2017 | Chamois Niortais | - | Stade Lavallois | 2:2 | ||||
| 25. Round | 10/02/2017 | Chamois Niortais | - | ESTAC Troyes | 3:2 | ||||
| 29. Round | 10/03/2017 | Chamois Niortais | - | Valenciennes FC | 2:1 | ||||
| 30. Round | 17/03/2017 | Clermont Foot 63 | - | Chamois Niortais | 0:1 | ||||
| 35. Round | 28/04/2017 | Chamois Niortais | - | Stade de Reims | 0:3 |
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