| 1. Round | 12/07/2018 | VfB Eichstätt | - | Bayern München II | 1:5 |  |
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| 3. Round | 17/07/2018 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 5. Round | 05/08/2018 | Bayern München II | - | FV Illertissen | 2:0 | ||||
| 6. Round | 10/08/2018 | SV Schalding-Heining | - | Bayern München II | 0:2 | |
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| 4. Round | 15/08/2018 | FC Pipinsried | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 2. Round | 21/08/2018 | Bayern München II | - | 1. FC Nürnberg II | 1:0 | ||||
| 8. Round | 26/08/2018 | VfR Garching | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 9. Round | 02/09/2018 | Bayern München II | - | Viktoria Aschaffenburg | 2:2 |  |
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| 17. Round | 29/10/2018 | Bayern München II | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 20. Round | 24/02/2019 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:0 | ||||
| 23. Round | 01/03/2019 | Bayern München II | - | SV Schalding-Heining | 5:1 | ||||
| 24. Round | 10/03/2019 | SpVgg Bayreuth | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 25. Round | 17/03/2019 | Bayern München II | - | VfR Garching | 3:2 | ||||
| 28. Round | 05/04/2019 | TSV Buchbach | - | Bayern München II | 1:2 | |
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| 26. Round | 09/04/2019 | Viktoria Aschaffenburg | - | Bayern München II | 2:3 |
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