| 8. Round | 28/09/2008 | Viktoria Žižkov | - | FK Mladá Boleslav | 1:2 | ||||
| 9. Round | 05/10/2008 | Sigma Olomouc | - | Viktoria Žižkov | 2:0 | ||||
| 10. Round | 19/10/2008 | Viktoria Žižkov | - | 1. FC Brno | 1:1 | ||||
| 11. Round | 26/10/2008 | SK Kladno | - | Viktoria Žižkov | 1:0 | ||||
| 12. Round | 02/11/2008 | Dynamo České Budějovice | - | Viktoria Žižkov | 3:2 | ||||
| 13. Round | 09/11/2008 | Viktoria Žižkov | - | Slovan Liberec | 0:0 | ||||
| 14. Round | 16/11/2008 | Slavia Praha | - | Viktoria Žižkov | 2:1 |  |
|||
| 15. Round | 23/11/2008 | Viktoria Žižkov | - | 1. FK Příbram | 2:0 | ||||
| 16. Round | 30/11/2008 | FK Teplice | - | Viktoria Žižkov | 2:0 | |
|||
| 17. Round | 22/02/2009 | Viktoria Žižkov | - | Tescoma Zlín | 1:1 | ||||
| 18. Round | 28/02/2009 | Baník Ostrava | - | Viktoria Žižkov | 0:0 | ||||
| 19. Round | 08/03/2009 | Viktoria Žižkov | - | AC Sparta Praha | 1:2 | ||||
| 20. Round | 15/03/2009 | Bohemians Praha | - | Viktoria Žižkov | 0:0 | ||||
| 21. Round | 22/03/2009 | Viktoria Žižkov | - | FK Baumit Jablonec | 0:1 | |
|||
| 29. Round | 23/05/2009 | 1. FK Příbram | - | Viktoria Žižkov | 3:0 | ||||
| 30. Round | 30/05/2009 | Viktoria Žižkov | - | Viktoria Plzeň | 0:2 |
Czech Republic