| 2. Round | 10/09/2011 | Panetolikos | - | Panionios GSS | 0:1 | ||||
| 1. Round | 14/09/2011 | Panetolikos | - | Asteras Tripolis | 1:0 |  |
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| 3. Round | 17/09/2011 | AO Kerkyra | - | Panetolikos | 2:3 | ||||
| 5. Round | 01/10/2011 | Atromitos | - | Panetolikos | 2:1 |  |
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| 8. Round | 29/10/2011 | Panetolikos | - | Skoda Xanthi | 2:0 | ||||
| 9. Round | 06/11/2011 | Ergotelis | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 10. Round | 20/11/2011 | PAOK Saloniki | - | Panetolikos | 3:0 | ||||
| 11. Round | 26/11/2011 | Panetolikos | - | AEK Athen | 0:2 | ||||
| 12. Round | 03/12/2011 | Olympiakos Piraeus | - | Panetolikos | 2:0 | ||||
| 13. Round | 11/12/2011 | Panetolikos | - | OFI Heraklion | 1:0 | |
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| 14. Round | 18/12/2011 | Aris Saloniki | - | Panetolikos | 0:0 | ||||
| 15. Round | 04/01/2012 | Panetolikos | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 16. Round | 07/01/2012 | Asteras Tripolis | - | Panetolikos | 1:0 | |
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| 17. Round | 15/01/2012 | Panionios GSS | - | Panetolikos | 1:0 | |
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| 19. Round | 29/01/2012 | PAS Giannina | - | Panetolikos | 1:0 | |
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| 20. Round | 05/02/2012 | Panetolikos | - | Atromitos | 1:1 |  |
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| 28. Round | 08/04/2012 | OFI Heraklion | - | Panetolikos | 1:0 | |
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| 29. Round | 18/04/2012 | Panetolikos | - | Aris Saloniki | 5:1 | |
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| 30. Round | 22/04/2012 | Panathinaikos | - | Panetolikos | 4:0 |
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