| 1. Round | 20/08/2016 | Manisaspor | - | Elazığspor | 1:0 | ||||
| 2. Round | 26/08/2016 | Ümraniyespor | - | Manisaspor | 1:1 | ||||
| 3. Round | 10/09/2016 | Manisaspor | - | Eskişehirspor | 3:3 | ||||
| 5. Round | 26/09/2016 | Manisaspor | - | Göztepe | 0:3 | ||||
| 6. Round | 01/10/2016 | Bandırmaspor | - | Manisaspor | 4:0 | ||||
| 7. Round | 16/10/2016 | Manisaspor | - | Adana Demirspor | 1:2 |  |
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| 8. Round | 21/10/2016 | Yeni Malatyaspor | - | Manisaspor | 3:1 | |
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| 13. Round | 03/12/2016 | Manisaspor | - | Gaziantep Bld.Spor | 2:0 | |
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| 14. Round | 11/12/2016 | Altınordu FK | - | Manisaspor | 1:1 | |
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| 16. Round | 25/12/2016 | Şanlıurfaspor | - | Manisaspor | 2:0 | ||||
| 17. Round | 14/01/2017 | Manisaspor | - | Boluspor | 2:2 | |
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| 22. Round | 25/02/2017 | Göztepe | - | Manisaspor | 1:0 | |
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| 24. Round | 12/03/2017 | Adana Demirspor | - | Manisaspor | 1:1 | ||||
| 27. Round | 09/04/2017 | Manisaspor | - | Mersin Idmanyurdu | 2:0 | ||||
| 28. Round | 19/04/2017 | Samsunspor | - | Manisaspor | 1:2 | |
|||
| 30. Round | 30/04/2017 | Gaziantep Bld.Spor | - | Manisaspor | 1:0 | |
|||
| 33. Round | 14/05/2017 | Manisaspor | - | Şanlıurfaspor | 2:0 | ||||
| 34. Round | 20/05/2017 | Boluspor | - | Manisaspor | 4:0 |
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