| 12. Round | 25/07/2006 | FK Moskva | - | Dinamo Moskva | 1:1 | ||||
| 13. Round | 30/07/2006 | Dinamo Moskva | - | Zenit St. Petersburg | 2:2 | ||||
| 14. Round | 04/08/2006 | Torpedo Moskva | - | Dinamo Moskva | 3:0 | ||||
| 15. Round | 13/08/2006 | Dinamo Moskva | - | CSKA Moskva | 2:3 | ||||
| 16. Round | 19/08/2006 | Shinnik Yaroslavl | - | Dinamo Moskva | 1:2 | ||||
| 17. Round | 27/08/2006 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 18. Round | 10/09/2006 | FK Saturn | - | Dinamo Moskva | 3:0 | ||||
| 19. Round | 17/09/2006 | Dinamo Moskva | - | FK Amkar Perm | 0:0 | ||||
| 20. Round | 23/09/2006 | FK Rostov | - | Dinamo Moskva | 2:1 | ||||
| 21. Round | 01/10/2006 | Dinamo Moskva | - | Krylia Sovetov | 1:1 | ||||
| 22. Round | 14/10/2006 | Luch-Energiya Vladivostok | - | Dinamo Moskva | 3:1 | ||||
| 23. Round | 20/10/2006 | Dinamo Moskva | - | Spartak Nalchik | 1:0 | ||||
| 24. Round | 25/10/2006 | Spartak Moskva | - | Dinamo Moskva | 3:2 | ||||
| 25. Round | 29/10/2006 | Dinamo Moskva | - | Lokomotiv Moskva | 2:0 | ||||
| 26. Round | 05/11/2006 | Rubin Kazan | - | Dinamo Moskva | 0:1 | ||||
| 27. Round | 08/11/2006 | Dinamo Moskva | - | FK Moskva | 1:1 | ||||
| 29. Round | 18/11/2006 | Dinamo Moskva | - | Torpedo Moskva | 2:1 | ||||
| 30. Round | 26/11/2006 | CSKA Moskva | - | Dinamo Moskva | 1:2 |  |
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