| Regionalliga Bayern | Matches | W | D | L |  |
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| home | 3 | 1 | - | 2 | 7 | - | 1 |
| away | 8 | 4 | 1 | 3 | 18 | 1 | - |
| overall | 11 | 5 | 1 | 5 | 25 | 1 | 1 |
| Bayernliga Nord | Matches | W | D | L | |
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| home | - | - | - | - | - | - | - |
| away | 1 | - | - | 1 | 1 | 1 | 1 |
| overall | 1 | - | - | 1 | 1 | 1 | 1 |
| Bayernliga Süd | Matches | W | D | L | |
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| home | - | - | - | - | - | - | - |
| away | 1 | 1 | - | - | 2 | - | - |
| overall | 1 | 1 | - | - | 2 | - | - |
| Regionalliga Bayern | Home | - | Guest | |
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Results |
| 10/11/12 | TSV 1860 Rosenheim | - | FC Ingolstadt 04 II | 3 | 1 | - | 2:0 |
| 05/04/13 | SV Seligenporten | - | FC Ingolstadt 04 II | 1 | - | - | 1:2 |
| 10/08/13 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1 | - | - | 4:1 |
| 13/10/13 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Nürnberg II | 2 | - | - | 1:2 |
| 18/09/15 | Wacker Burghausen | - | FC Ingolstadt 04 II | 2 | - | - | 0:0 |
| 22/04/16 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 1 | - | 1 | 0:4 |
| 29/10/16 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayreuth | 4 | - | - | 1:0 |
| 03/03/17 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 3 | - | - | 0:1 |
| 14/10/17 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | FC Ingolstadt 04 II | 2 | - | - | 0:3 |
| 24/02/19 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 3 | - | - | 3:0 |
| 03/05/19 | SV Heimstetten | - | FC Ingolstadt 04 II | 3 | - | - | 0:10 |
| Bayernliga Nord | Home | - | Guest | |
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Results |
| 31/07/24 | VfB Eichstätt | - | FC Ingolstadt 04 II | 1 | 1 | 1 | 4:2 |
| Bayernliga Süd | Home | - | Guest | |
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Results |
| 09/04/22 | SV Donaustauf | - | FC Ingolstadt 04 II | 2 | - | - | 1:5 |
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