| 5. Round | 18/09/2016 | CD Eldense | - | Atlético Saguntino | 0:1 | ||||
| 6. Round | 24/09/2016 | Atlético Saguntino | - | CF Badalona | 0:0 | ||||
| 7. Round | 02/10/2016 | Lleida Esportiu | - | Atlético Saguntino | 2:1 | ||||
| 8. Round | 08/10/2016 | Atlético Saguntino | - | CE L'Hospitalet | 4:1 | ||||
| 11. Round | 30/10/2016 | CD Ebro | - | Atlético Saguntino | 1:2 | ||||
| 15. Round | 19/11/2016 | Atlético Saguntino | - | CD Alcoyano | 1:0 | ||||
| 16. Round | 27/11/2016 | Atlético Baleares | - | Atlético Saguntino | 1:1 |  |
|||
| 17. Round | 04/12/2016 | Atlético Saguntino | - | RCD Mallorca B | 0:0 | ||||
| 18. Round | 10/12/2016 | UE Cornellà | - | Atlético Saguntino | 1:1 | |
|||
| 19. Round | 18/12/2016 | Atlético Saguntino | - | CF Gavà | 0:0 | ||||
| 20. Round | 08/01/2017 | Atlético Saguntino | - | FC Barcelona B | 1:3 | ||||
| 21. Round | 15/01/2017 | CE Sabadell | - | Atlético Saguntino | 1:1 | ||||
| 22. Round | 22/01/2017 | Atlético Saguntino | - | UE Llagostera | 1:1 | ||||
| 23. Round | 28/01/2017 | Valencia CF B | - | Atlético Saguntino | 0:0 | ||||
| 33. Round | 09/04/2017 | Atlético Saguntino | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 37. Round | 06/05/2017 | Atlético Saguntino | - | UE Cornellà | 1:2 |  |
|||
| 38. Round | 13/05/2017 | CF Gavà | - | Atlético Saguntino | 4:0 | |
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