| 2. Round | 27/08/2011 | FC Barcelona B | - | Villarreal CF B | 0:2 |  |
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| 3. Round | 03/09/2011 | Villarreal CF B | - | CE Sabadell | 3:4 | |
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| 4. Round | 10/09/2011 | AD Alcorcón | - | Villarreal CF B | 1:1 | |
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| 5. Round | 18/09/2011 | Villarreal CF B | - | CD Guadalajara | 3:3 | |
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| 8. Round | 09/10/2011 | Córdoba CF | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 9. Round | 14/10/2011 | Villarreal CF B | - | Girona FC | 2:2 | ||||
| 10. Round | 22/10/2011 | Real Murcia | - | Villarreal CF B | 3:1 | |
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| 1. Round | 25/10/2011 | Villarreal CF B | - | Hércules CF | 0:1 | ||||
| 11. Round | 30/10/2011 | Villarreal CF B | - | RC Celta | 2:3 | ||||
| 12. Round | 05/11/2011 | Elche CF | - | Villarreal CF B | 3:0 | ||||
| 13. Round | 13/11/2011 | Villarreal CF B | - | UD Almería | 2:1 | ||||
| 14. Round | 19/11/2011 | Real Valladolid | - | Villarreal CF B | 2:1 | ||||
| 15. Round | 26/11/2011 | Villarreal CF B | - | CD Numancia | 0:0 | ||||
| 16. Round | 02/12/2011 | UD Las Palmas | - | Villarreal CF B | 3:1 | ||||
| 17. Round | 10/12/2011 | Villarreal CF B | - | Xerez CD | 3:1 | ||||
| 18. Round | 17/12/2011 | SD Huesca | - | Villarreal CF B | 1:0 | ||||
| 19. Round | 07/01/2012 | Recreativo Huelva | - | Villarreal CF B | 3:1 | ||||
| 20. Round | 14/01/2012 | Villarreal CF B | - | FC Cartagena | 0:0 |
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