| 9. Round | 20/10/2024 | Mérida AD | - | Real Betis B | 1:1 | ||||
| 10. Round | 27/10/2024 | Mérida AD | - | CD Alcoyano | 2:2 |  |
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| 13. Round | 17/11/2024 | Atlético Madrid B | - | Mérida AD | 1:0 | ||||
| 20. Round | 19/01/2025 | Mérida AD | - | Marbella FC | 4:2 | ||||
| 21. Round | 26/01/2025 | UD Ibiza | - | Mérida AD | 3:0 | ||||
| 22. Round | 01/02/2025 | Real Betis B | - | Mérida AD | 0:4 |  |
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| 23. Round | 08/02/2025 | Mérida AD | - | AD Alcorcón | 2:1 | ||||
| 24. Round | 15/02/2025 | CF Intercity | - | Mérida AD | 3:1 | ||||
| 25. Round | 23/02/2025 | Mérida AD | - | Real Murcia | 1:4 | |
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| 26. Round | 01/03/2025 | Algeciras CF | - | Mérida AD | 1:1 | ||||
| 27. Round | 08/03/2025 | Mérida AD | - | Atlético Sanluqueño CF | 3:2 | ||||
| 28. Round | 14/03/2025 | Villarreal CF B | - | Mérida AD | 3:0 | ||||
| 29. Round | 21/03/2025 | Mérida AD | - | Yeclano Deportivo | 1:0 | ||||
| 30. Round | 30/03/2025 | CD Alcoyano | - | Mérida AD | 2:3 | ||||
| 32. Round | 13/04/2025 | Hércules CF | - | Mérida AD | 0:0 | |
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| 33. Round | 20/04/2025 | CF Fuenlabrada | - | Mérida AD | 1:1 | ||||
| 34. Round | 27/04/2025 | Mérida AD | - | Antequera CF | 3:0 | |
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| 35. Round | 03/05/2025 | AD Ceuta FC | - | Mérida AD | 1:0 | ||||
| 36. Round | 10/05/2025 | Mérida AD | - | Real Madrid Castilla | 0:0 |
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