| 1. Round | 01/09/2024 | SD Gernika | - | CD Alfaro | 0:1 | ||||
| 2. Round | 08/09/2024 | Real Zaragoza B | - | SD Gernika | 1:1 | ||||
| 3. Round | 15/09/2024 | SD Gernika | - | CD Alavés B | 1:1 |  |
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| 4. Round | 22/09/2024 | UD Logroñés | - | SD Gernika | 3:1 | |
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| 5. Round | 29/09/2024 | CD Teruel | - | SD Gernika | 2:1 | ||||
| 6. Round | 05/10/2024 | SD Gernika | - | CD Izarra | 5:2 | |
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| 7. Round | 13/10/2024 | SD Ejea | - | SD Gernika | 1:0 | ||||
| 8. Round | 20/10/2024 | SD Gernika | - | CD Tudelano | 1:1 |  |
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| 9. Round | 26/10/2024 | SD Eibar B | - | SD Gernika | 1:2 | ||||
| 10. Round | 02/11/2024 | SD Gernika | - | Utebo FC | 1:1 | |
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| 11. Round | 10/11/2024 | CD Calahorra | - | SD Gernika | 0:0 | |
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| 12. Round | 17/11/2024 | SD Gernika | - | SD Logroñés | 1:0 | |
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| 13. Round | 23/11/2024 | Arenas de Getxo | - | SD Gernika | 4:1 |
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