| 1. Round | 24/08/2024 | UD Ibiza | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 3. Round | 07/09/2024 | Villarreal CF B | - | Real Madrid Castilla | 1:1 | ||||
| 4. Round | 14/09/2024 | Antequera CF | - | Villarreal CF B | 2:0 | ||||
| 5. Round | 22/09/2024 | Villarreal CF B | - | Recreativo Huelva | 1:0 | ||||
| 6. Round | 29/09/2024 | Algeciras CF | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 7. Round | 06/10/2024 | Mérida AD | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 8. Round | 13/10/2024 | Villarreal CF B | - | Atlético Sanluqueño CF | 1:1 | ||||
| 9. Round | 18/10/2024 | Sevilla Atlético | - | Villarreal CF B | 2:1 | ||||
| 14. Round | 24/11/2024 | Villarreal CF B | - | Atlético Madrid B | 3:2 | ||||
| 15. Round | 01/12/2024 | AD Ceuta FC | - | Villarreal CF B | 1:1 | ||||
| 17. Round | 15/12/2024 | CF Intercity | - | Villarreal CF B | 2:2 | ||||
| 23. Round | 09/02/2025 | Recreativo Huelva | - | Villarreal CF B | 3:3 | ||||
| 24. Round | 16/02/2025 | Villarreal CF B | - | CD Alcoyano | 3:0 | ||||
| 26. Round | 02/03/2025 | Villarreal CF B | - | AD Ceuta FC | 0:1 |  |
|||
| 37. Round | 17/05/2025 | Villarreal CF B | - | Sevilla Atlético | 3:0 | ||||
| 38. Round | 24/05/2025 | Real Betis B | - | Villarreal CF B | 0:3 |
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