| 1. Round | 20/08/2016 | Arenas de Getxo | - | CF Fuenlabrada | 2:1 | ||||
| 2. Round | 28/08/2016 | CF Fuenlabrada | - | UD Logroñés | 2:1 | ||||
| 3. Round | 04/09/2016 | UD SS Reyes | - | CF Fuenlabrada | 5:1 | ||||
| 7. Round | 01/10/2016 | Real Sociedad B | - | CF Fuenlabrada | 1:2 |  |
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| 8. Round | 09/10/2016 | CF Fuenlabrada | - | Real Unión | 1:0 | ||||
| 10. Round | 23/10/2016 | CF Fuenlabrada | - | SD Gernika | 4:2 |  |
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| 13. Round | 06/11/2016 | CF Fuenlabrada | - | Rayo Majadahonda | 3:2 | ||||
| 14. Round | 13/11/2016 | CD Toledo | - | CF Fuenlabrada | 1:0 | ||||
| 16. Round | 27/11/2016 | SD Zamudio | - | CF Fuenlabrada | 4:2 | ||||
| 18. Round | 11/12/2016 | Barakaldo CF | - | CF Fuenlabrada | 1:1 |
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