| 2. Round | 28/08/2016 | UCAM Murcia CF | - | Córdoba CF | 1:1 | ||||
| 3. Round | 02/09/2016 | Córdoba CF | - | CD Lugo | 3:3 | ||||
| 4. Round | 11/09/2016 | SD Huesca | - | Córdoba CF | 3:0 | ||||
| 5. Round | 17/09/2016 | Córdoba CF | - | Levante UD | 1:0 | ||||
| 6. Round | 20/09/2016 | AD Alcorcón | - | Córdoba CF | 0:1 | ||||
| 7. Round | 24/09/2016 | Córdoba CF | - | Gimnàstic de Tarragona | 2:0 | ||||
| 8. Round | 01/10/2016 | Real Zaragoza | - | Córdoba CF | 1:1 |  |
|||
| 9. Round | 08/10/2016 | CD Numancia | - | Córdoba CF | 1:1 | ||||
| 10. Round | 16/10/2016 | Córdoba CF | - | Sevilla Atlético | 0:1 | ||||
| 12. Round | 29/10/2016 | Córdoba CF | - | Real Valladolid | 1:1 | |
|||
| 14. Round | 11/11/2016 | Córdoba CF | - | RCD Mallorca | 0:2 | ||||
| 16. Round | 27/11/2016 | Córdoba CF | - | Getafe CF | 1:3 | ||||
| 23. Round | 29/01/2017 | Córdoba CF | - | UCAM Murcia CF | 1:1 | ||||
| 25. Round | 12/02/2017 | Córdoba CF | - | SD Huesca | 0:2 | ||||
| 26. Round | 18/02/2017 | Levante UD | - | Córdoba CF | 3:1 | ||||
| 28. Round | 05/03/2017 | Gimnàstic de Tarragona | - | Córdoba CF | 2:1 | |
|||
| 40. Round | 28/05/2017 | Córdoba CF | - | Real Oviedo | 4:2 | ||||
| 42. Round | 10/06/2017 | Córdoba CF | - | Girona FC | 2:1 |  |
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