| 4. Round | 24/09/2023 | Real Zaragoza B | - | SD Gernika | 1:1 | ||||
| 5. Round | 01/10/2023 | SD Gernika | - | UD Mutilvera | 1:1 | ||||
| 6. Round | 08/10/2023 | AD San Juan | - | SD Gernika | 0:0 | ||||
| 7. Round | 15/10/2023 | SD Gernika | - | Arenas de Getxo | 2:2 | ||||
| 9. Round | 28/10/2023 | SD Gernika | - | CD Calahorra | 2:0 | ||||
| 11. Round | 12/11/2023 | SD Gernika | - | Náxara CD | 1:1 | ||||
| 20. Round | 28/01/2024 | CD Alavés B | - | SD Gernika | 1:2 | ||||
| 26. Round | 10/03/2024 | CD Calahorra | - | SD Gernika | 0:1 | ||||
| 28. Round | 24/03/2024 | Náxara CD | - | SD Gernika | 2:1 | ||||
| 29. Round | 31/03/2024 | SD Gernika | - | Real Sociedad C | 3:1 |
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