| 1. Round | 27/08/2006 | CD Alavés | - | Elche CF | 1:1 | ||||
| 7. Round | 08/10/2006 | CD Alavés | - | UD Almería | 1:0 | ||||
| 8. Round | 15/10/2006 | Cádiz CF | - | CD Alavés | 1:1 | ||||
| 9. Round | 21/10/2006 | CD Alavés | - | CD Castellón | 2:0 | ||||
| 10. Round | 28/10/2006 | Hércules CF | - | CD Alavés | 3:1 | ||||
| 11. Round | 05/11/2006 | UD Salamanca | - | CD Alavés | 3:0 | ||||
| 12. Round | 12/11/2006 | CD Alavés | - | Albacete | 1:1 |  |
|||
| 20. Round | 13/01/2007 | CD Alavés | - | Lorca Deportiva | 3:1 | ||||
| 21. Round | 21/01/2007 | SD Ponferradina | - | CD Alavés | 0:2 | |
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| 22. Round | 28/01/2007 | Elche CF | - | CD Alavés | 1:0 | ||||
| 24. Round | 10/02/2007 | Real Madrid Castilla | - | CD Alavés | 1:1 | |
|||
| 25. Round | 18/02/2007 | CD Alavés | - | UD Vecindario | 5:1 | |
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| 26. Round | 24/02/2007 | CD Tenerife | - | CD Alavés | 1:2 | |
|||
| 30. Round | 25/03/2007 | CD Castellón | - | CD Alavés | 2:0 | ||||
| 31. Round | 01/04/2007 | CD Alavés | - | Hércules CF | 2:3 | |
|||
| 33. Round | 14/04/2007 | Albacete | - | CD Alavés | 2:2 |  |
|||
| 35. Round | 28/04/2007 | Sporting Gijón | - | CD Alavés | 1:1 | ||||
| 36. Round | 05/05/2007 | CD Alavés | - | UD Las Palmas | 1:2 | |
|||
| 37. Round | 12/05/2007 | Ciudad de Murcia | - | CD Alavés | 5:1 | |
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| 38. Round | 19/05/2007 | CD Alavés | - | Polideportivo Ejido | 2:1 |
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