| 1. Round | 21/08/2016 | CDA Navalcarnero | - | SD Amorebieta | 2:0 | ||||
| 2. Round | 28/08/2016 | SD Amorebieta | - | CD Mensajero | 1:1 | ||||
| 3. Round | 03/09/2016 | Real Madrid Castilla | - | SD Amorebieta | 3:2 | ||||
| 5. Round | 17/09/2016 | Real Unión | - | SD Amorebieta | 1:0 | ||||
| 7. Round | 01/10/2016 | SD Amorebieta | - | SD Gernika | 3:1 |  |
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| 8. Round | 08/10/2016 | SD Leioa | - | SD Amorebieta | 2:3 | ||||
| 14. Round | 12/11/2016 | Athletic Club B | - | SD Amorebieta | 0:0 | ||||
| 15. Round | 19/11/2016 | SD Amorebieta | - | Barakaldo CF | 2:2 | ||||
| 16. Round | 27/11/2016 | Sestao River | - | SD Amorebieta | 1:0 | ||||
| 17. Round | 03/12/2016 | SD Amorebieta | - | Arenas de Getxo | 2:2 | |
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| 18. Round | 11/12/2016 | UD Logroñés | - | SD Amorebieta | 2:1 | ||||
| 22. Round | 21/01/2017 | SD Amorebieta | - | Real Madrid Castilla | 2:2 | ||||
| 23. Round | 28/01/2017 | Real Sociedad B | - | SD Amorebieta | 1:0 | ||||
| 25. Round | 12/02/2017 | Albacete | - | SD Amorebieta | 1:0 | ||||
| 28. Round | 05/03/2017 | CF Fuenlabrada | - | SD Amorebieta | 1:0 | |
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